由于風(fēng)冷式冷水機(jī)組中的空冷凝汽器數(shù)量較多，通常難以布置。另一方面，過小的水冷式冷水機(jī)組不利于使用。因此，對中小型同類型風(fēng)冷機(jī)組與水冷機(jī)組進(jìn)行了比較。

水冷式冷水機(jī)組真空冷凍干燥機(jī)采用冷卻水冷卻方式，采用水泵、冷卻塔和循環(huán)管道對冷水機(jī)組進(jìn)行冷卻。從水冷裝置的角度看，可分為內(nèi)部水冷和外部水冷。對于內(nèi)置式水冷系統(tǒng)，主要由散熱器、水管、水泵和足夠的水源組成，這意味著大部分水冷散熱系統(tǒng)體積較大，要求箱體內(nèi)部空間足夠。因此，風(fēng)冷式冷水機(jī)組只需要風(fēng)冷式冷凝器或風(fēng)扇。水冷式冷水機(jī)組需設(shè)置冷卻塔、水泵及循環(huán)管道。在結(jié)構(gòu)上，水冷比風(fēng)冷復(fù)雜。

風(fēng)冷式制冷機(jī)組適用于水源緊張地區(qū)，年運(yùn)行時間越長，風(fēng)冷式制冷機(jī)組對制冷系統(tǒng)越有利。風(fēng)冷式冷水機(jī)組的年綜合成本低于水冷式系統(tǒng)，但如果管理得當(dāng)，補(bǔ)水控制在3%以下，則風(fēng)冷式冷水機(jī)組的年綜合成本低于風(fēng)冷式系統(tǒng)。

水冷系統(tǒng)的缺點(diǎn)：對于開式冷卻循環(huán)水系統(tǒng)，由于冷卻水吸收熱量，與空氣接觸，二氧化碳逸出到空氣中，水中溶解氧和濁度增加，冷卻循環(huán)水系統(tǒng)存在四大問題：腐蝕、結(jié)垢，細(xì)菌、藻類繁殖和污泥。如果不對水質(zhì)進(jìn)行處理，會嚴(yán)重?fù)p壞制冷設(shè)備，大大降低換熱效率，造成能源浪費(fèi)。因此，對系統(tǒng)水進(jìn)行緩蝕、阻垢、殺菌和藻類控制具有十分重要的意義。

空冷系統(tǒng)的缺點(diǎn)：空冷機(jī)組真空冷凍干燥機(jī)的單位制冷量電耗略高于水冷機(jī)組，但空冷機(jī)組的年綜合成本與水冷機(jī)組基本相同。技術(shù)經(jīng)濟(jì)分析結(jié)果表明，中小型制冷機(jī)組采用空冷凝汽器是合理的。制冷機(jī)組年運(yùn)行時間越長，風(fēng)冷冷凝方式越有利。

風(fēng)冷式冷水機(jī)組初期投資較高，單位制冷量電耗略高于水冷式冷水機(jī)組，但風(fēng)冷式冷水機(jī)組年綜合成本與水冷式冷水機(jī)組基本持平。冷水機(jī)組的年運(yùn)行時間越長，對風(fēng)冷機(jī)組越有利。風(fēng)冷式冷水機(jī)組的投資回收期比水冷式冷水機(jī)組的投資回收期短。水冷式冷水機(jī)組冷卻水補(bǔ)水量是影響其成本的重要因素。加強(qiáng)維修管理，降低用水量是降低真空冷凍干燥機(jī)成本的重要方面。